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第二罪，蓟州僭越。
这一罪，张家玉是承认的，袁崇焕在蓟州确有指挥失当之处，但不承认袁崇焕通敌，建虏绕过蓟州后，下一道防线是三河镇的侯世禄和顺义镇的满桂，照袁崇焕布置，哪怕蓟州有失，这两个地方也依然可以堵截住建虏，但人算不如天算，侯世禄提前率军撤往京师，满桂弃守顺义，致使建虏从容杀到通州城下。
前方该堵截的没有堵住，袁崇焕无奈只能继续追下去。
袁崇焕追到顺义后，投降建虏的顺义知县来拜见他。袁气愤的说：“虽然我有尚方宝剑，但蓟州不在我敕谕的权限范围，要不我早砍了你的狗头！”
至于京师城下的血战就不用说了。
在追击中，袁崇焕曾经曲线前行，有人攻讦他是故意纵敌，但却袁崇焕曲线前进保护的是河西务、通州、张湾等漕仓重地，建虏深入大明腹地，粮饷补给全靠劫掠，如果让建虏得了粮仓，其势怕更难遏制。而大明各地的援兵也需要漕仓中的粮食，袁崇焕守卫粮仓，不得不曲线前进，并没有不对。
第三罪，说因为袁崇焕杀了毛文龙，导致尚可喜等人投降建虏，但张家玉不同意，他认为其因缘结果尚有可议之处。
袁崇焕杀毛文龙是崇祯元年，尚可喜投降建虏是崇祯六年，时间过去了五年，袁崇焕也已经死四年了，其间尚可喜奋勇杀奴，镇压皮岛兵变，其家人在崇祯四年的旅顺之战时，包括妻妾及家眷侍婢数百口全部投水殉国，在此之前，尚可喜并无投敌之意，所以尚可喜的投降并不是因为毛文龙被杀，而是因为继任的辽东督师处置不当。
最后是议和之罪。
张家玉以为，袁崇焕和建虏议和不过是相互忽悠，争取时间备战，虽然没有经过朝廷的同意，但议和只是通信，并没有实际行动，就算有罪，也不应该是死罪。
“督师冤枉啊……”
张家玉跪伏在地，呜呜哭泣：“古来今来，除非是谋逆的大罪，又有谁受过凌迟之死啊。”
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